بر اساس این آیین نامه به منظور اجرای قانون جهش تولید دانش بنیان و توسعه زنجیره ارزش تولید و عبور از خام فروشی، صادرات کلیه مواد و محصولات معدنی، صنایع معدنی فلزی و غیرفلزی، محصولات نفتی، گازی و پتروشیمی مندرج در فهرست تصویب نامه هیأت وزیران راجع به بند «ص» تبصره (۶) قانون بودجه سال ۱۴۰۱ کل کشور منطبق بر قانون جهش تولید دانش بنیان در تمام نقاط کشور مشمول مالیات بر درآمد  شده و از ابتدای سال ۱۴۰۲، نیم درصد (۰/۵%) به مأخذ ارزش صادراتی این کالاها به‌عنوان عوارض صادراتی افزوده خواهد شد.

میزان قطعی این عوارض در دستورالعملی که توسط وزارت صنعت، معدن و تجارت با همکاری وزارت نفت و معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری ظرف دو ماه پس از لازم الاجرا شدن این قانون تهیه می شود و به­تصویب هیأت وزیران می رسد، تعیین خواهد شد. وزارت امور اقتصادی و دارایی موظف است نسبت به وصول منابع حاصل از این بند، همچنین مالیات بر درآمد موضوع بند «ص» تبصره (۶) قانون بودجه سال ۱۴۰۱ کل کشور و نیز حقوق ورودی (مطابق بند «د» ماده (۱) قانون امور گمرکی مصوب ۱۳۹۰/۸/۲۲) کلیه ماشین­آلات و تجهیزات، قطعات، مواد اولیه و واسطه­ای تولیدی، صنعتی، معدنی و کشاورزی اقدام نماید. حقوق گمرکی این موارد پس از ابلاغ این قانون به مأخذ یک درصد (۱%) تعیین می‌شود.

کلیه منابع حاصل از عوارض صادراتی موضوع این بند به ردیف درآمدی شماره ۱۱۰۵۲۰، مالیات موضوع بند «ص» تبصره (۶) قانون بودجه سال ۱۴۰۱ کل کشور به ردیف درآمدی شماره ۱۱۰۵۱۸ و حقوق ورودی ماشین آلات، تجهیزات و قطعات تولیدی، صنعتی، معدنی و کشاورزی به ردیف درآمدی شماره     ۱۱۰۴۱۸ جدول شماره (۵) این قانون واریز می شود. کلیه منابع درآمدی ردیف های شماره ۱۱۰۵۲۰، ۱۱۰۵۱۸ و ۱۱۰۴۱۸ جهت اجرای قانون جهش تولید دانش بنیان در اختیار معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش ­ بنیان ریاست جمهوری قرار می گیرد. دبیرخانه شورا موظف است گزارش عملکرد خود را هر شش­ماه یک­بار در اختیار کمیسیون های آموزش، تحقیقات و فناوری، صنایع و معادن، برنامه و بودجه و محاسبات و انرژی مجلس شورای اسلامی قرار دهد. اخذ حقوق ورودی موضوع این بند، نافی مفاد تبصره (۴) ماده (۸) قانون مالیات بر ارزش افزوده و بند «الف» ماده (۳) قانون حمایت از شرکتها و مؤسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات مصوب ۱۳۸۹/۸/۵ نمی باشد. برای شرکتهای تولیدی مشمول عوارض موضوع این بند، در صورت سرمایه گذاری در فعالیت های تحقیق و توسعه، با تأیید شورای مذکور، تا سقف میزان عوارض صادراتی معادل نیم درصد (۰/۵%) درصد ارزش صادراتی کلیه مواد و محصولات خام و نیمه­خام موضوع این بند، اعتبار مالیاتی لحاظ، شده و بر اساس آیین نامه ای که توسط معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری و با همکاری وزارتخانه­های صنعت، معدن و تجارت و امور اقتصادی و دارایی ظرف دوماه پس از لازم الاجرا شدن این قانون تهیه و به  تصویب هیأت وزیران می­رسد، از سرجمع مالیات قطعی  شده همان سال کسر می گردد.